마침 최근에 예수회 박종인 신부님이 그와 관련된 자세한 해설을 해주신 것이 생각나서, 여기 인용합니다.

"주님의 기도가 미사 전례에 도입된 것은 4세기라고 합니다. 제2차 바티칸공의회를 통해 교황 바오로 6세가 전례에 변화를 주기 전까지, 주님의 기도는 사제 혼자 바치고 기도 끝에 회중이 ‘아멘’으로 응답하는 기도였습니다(“전례사전” 참조). 하지만, 제2차 바티칸공의회 뒤에는 주례자와 회중이 함께 이 기도를 바치고 ‘아멘’은 생략하게 되었습니다. 오늘 우리가 익숙한 형태이니 잘 아실 겁니다(무심결에 “아멘’을 하는 경우가 있긴 합니다. 반대로 묵주기도를 바치면서는 주님의 기도 마지막에 아멘이 잘 안 나오기도 하지요).

“아멘”을 하지 않은 채, "주님께 나라와 권능과 영광이 영원히 있나이다"라는 '응답 영광송'을 바로 이어서 하고, 주님의 기도와 평화의 인사가 한 덩어리의 기도 형식을 이루기에 중간에 ‘아멘’을 하지 않는 것입니다.(조학균 신부, “미사 이야기” 참조)"

박종인 신부님의 글은 아래를 참고하세요.
http://www.catholicnews.co.kr/news/articleView.html?idxno=14392

출처 :http://www.biblicum.or.kr/ 

아래 내용은 혹시 도움이 되실 것 같아서 옮겨 왔습니다.

1. 어떤 기도는 '우리 주 그리스도를 통하여 비나이다. 아멘.' 이라 하고 
2. 어떤 기도는 그냥 '아멘' 이라 합니다. 
내가 나를 위해 기도를 드리면 .아멘. 하고 
내가 남을 위해 기도를 드리면 '우리주 그리스도를 통하여 비나이다. 아멘' 
  하는 건가요??? 아니면 어떤 구분이 있는 것인가요??? 
꼭 정확히 알려 주시면 감사하겠습니다. 
 
이 질문에 대해 1번으로 응답할 경우는 기도의 내용이 좀 길 경우와 
2번으로 응답할 경우는 성부와 성자와 성령의 이름으로 아멘. 
하는 경우처럼 아주 짧은 기도일 경우에 해당되는 것 같은데요. 
..의 영육간의 건강을 위해 기도드립니다. 아멘.
이런 식으로요. 제가 생각하고 있는 것도 맞는지요? 
 아니면 다른 특별한 이유가 있는지요? 

전례에 관한 글을 올리셨네요.
아멘의 뜻은 잘 아시지요? "정말 그렇습니다. 또는 그대로 이루어지기를 빕니다"이지요.
기도문 끝에 아멘을 붙이는 형식은 여러가지입니다.

1. 가장 장엄한 형식은 성부와 성자와 성령을 모두 거론하면서 끝에 아멘을 붙이는 것이지요.
그 가운데 으뜸은 성찬의 전례 한복판에 있는 마침 영광송입니다.

"그리스도를 통하여, 그리스도와 함께, 그리스도 안에서 성령으로 하나되어,

전능하신 천주 성부, 모든 영예와 영광을 영원히 받으소서. 아멘."

이보다는 덜 장엄한 형식이 있는데, 주로 미사 중에 본 기도와 성무일도 마침기도에 사용합니다.
"성부와 성령과 함께 천주로서 영원히 살아계시며 다스리시는 성자 우리 주 예수 그리스도를

통하여 비나이다. 아멘."

2. 성자만 거론하면서 끝에 아멘을 붙이는 경우가 있지요.
가장 보편적인 형식이 "우리 주 그리스도를 통하여 비나이다. 아멘"이지요.

미사 중에 예물 기도와 영성체 후 기도, 그리고 일반적으로 우리가 개인 청원 기도를 바칠 때

이 형식을 주로 사용합니다.

 
이보다 조금 장엄한 형식이 있는데, 공식 전례에서 사용합니다.

곧 미사 중의 본기도와 예물기도 영성체후 기도, 그리고 성무일도에서 사용합니다.

"성자께서는 영원히 살아계시며 다스리시나이다. 아멘"

모든 기도는 성부께 바치는 것이 원칙이지만 성자께 바칠 수도 있습니다.
예를 들어 미사 중 평화의 인사 바로 직전의 기도는 성자께 바치는 기도입니다.
이 기도 끝에 "주님께서는 영원히 살아계시며 다스리시나이다. 아멘"이지요.

이때의 '주님'은 성부가 아니라 성자입니다.

이 같은 형식의 아멘은 성자께 바치는 기도나 성부께 바치되 기도의 내용이 성자와

관련되고 성자를 찬양하는 경우에 해당합니다.

3. 참고로 미사 중의 "주님의 기도"에 아멘을 붙이지 않는 이유는

바로 앞에 '마침 영광송'이 있고 이어지는 기도문에도 "주님께서는 영원히 살아계시며 다스리시나이다.

아멘"이 있기 때문에 생략합니다.

자매님이 생각하시는 것처럼 나를 위한 기도, 남을 위한 기도의 구분은 전혀 고려 대상이 아닙니다.
평안하십시오.  정태현 신부  

http://www.biblicum.or.kr/